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蒙元瓦刺部，又名卫特拉联盟，起源于叶泥河上游的一个游牧部落，成吉思汗立国时归附蒙元，其首领忽都合别乞虽非黄金家族后裔，但却和成吉思汗有姻亲关系，所以在蒙元的地位比较特殊，几乎等同于蒙元的亲王级别。
蒙元式微后，瓦刺部逐渐壮大，明成祖永乐年间，瓦刺一统西蒙诸部，大有鲸吞天下之势，但很快便败于成祖之手，不得不暂时臣服于大明。
明英宗正统年间，瓦刺部进入全盛时期，曾一统漠南蒙元诸部，大明北方从东边的奴儿干都司到西边的亦力把里的广袤区域几乎尽归其统治，连女真诸部都被其征服。
当时瓦刺部的首领脱欢由于并非黄金家族后裔，得不到蒙元诸部认可，无法自立为汗，只得迎立蒙元正统元昭宗的曾孙脱脱不花为汗，而他自己则以太师之位摄政，自此瓦刺部成为蒙元政权的实际控制者。
脱欢去世后，其子也先继承蒙元太师之位，也先继位以后，以大明拒绝互市之由进攻大明宣府、大同等边防重镇，明英宗朱祁镇被宦官王振怂恿，只准备了几天，便仓促御驾亲征，明军前锋因军粮不继，军心不稳，被也先轻松击败，王振吓得慌忙撤退，而且还带着明英宗朱祁镇往他的家乡蔚州跑！
这一路王振胡乱指挥，带着明英宗到处乱窜，结果被也先率数十万大军追了上来，恭顺伯吴克忠、都督吴克勤率十万步兵断后，战死沙场，成国公朱勇、永顺伯薛绶又率骑五万前去阻挡，也中了也先的埋伏，全军覆没。
后来明英宗逃到土木堡，离怀来城仅20里，王振以为1000余辆辎重车没能到达为由，下令就地宿营，结果被也先率军包围，随驾的二十多万明军伤亡殆尽，数十位朝廷大员全部战死，明英宗不久也被也先俘虏，这就是震惊天下的土木堡之变。
土木堡之变后，也先趁大明京城兵力空虚，挟持明英宗围攻大明京城，但因京城军民英勇奋战，也先不得已撤兵回了大漠。
而后也先欲立子侄为太子与蒙元大汗脱脱不花争夺汗位，脱脱不花奋起反击，但终因势单力薄，战败身亡，自此也先自称天圣大可汗。
不久，也先被暗杀，瓦刺开始衰落，鞑靼逐渐兴起，到大明万历年间。漠南草原逐渐被鞑靼占领，而瓦刺部却被赶到了西北荒漠。
后面朱慈炅与满蒙联军在漠南草原决战，直接灭了满清和鞑靼，蒙元和多小部落都开始向西北迁移，瓦刺部又开始逐渐崛起。
此时的瓦刺分为绰噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四大部，四部联盟占领了东起哈密卫，西到撒马尔罕，南抵乌思藏，北达贝加尔湖的大片疆域，实力几乎已经回复也先当政时期的水平！
沙俄在击败西伯利亚汗国以后，也曾与瓦刺诸部进行了几场小规模的战斗，但最终都以失败而告终，由于当时沙俄还没有占领西伯利亚汗国全境，无力征讨瓦刺，所以选择了与瓦刺签订合约，双方互不侵犯，并开通互市，和平共处。