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辽东在明朝时期指的是辽东都指挥使司，也就是大明九边重镇里的辽东镇，隶属于山东宣承布政司，是明朝最大的军事重镇，辖区面积只比现在的辽宁略小一点。
军镇是明朝独有的地方行政单位，是为抵御元蒙的反攻而设立起来的边防区域，在军镇里几乎没有县、府、州等行政单位，大部分都是卫所。像辽东镇就由二十五个卫所和两个州组成，一个卫所管辖的地区相当于现在的一个县。
这次兵变发生的地方宁远卫就是这样一个小县城，那么为什么辽东巡抚和辽东总兵都窝在这么个小县城里面呢？皆因自万历四十六年（公元1618年）开始，建州女真也就是后金全面进攻辽东镇，到崇正元年，整个辽东几乎全部失守，只留下从山海关-宁远-锦州这一块狭小的地区作为最后的堡垒，来抵御后金的入侵，这就是有名的宁锦防线。
要知道过了山海关那可就是北直隶京师地界了，宁锦防线的重要性可想而知。所以，一听说宁远兵变，整个大明朝廷都震惊了，这简直是自毁长城啊，宁锦防线一失，后金的铁骑便可长驱直入，一直冲到京城！
孙承宗自然知道宁锦防线的重要性，他匆匆的招来三军营提督袁可立和兵部左侍郎袁崇焕，然后便领着一千多锦衣卫亲军出发了。
京城到山海关差不多有一千里，王之臣原本以为朝廷的钦差大臣起码要走上十天半个月才会到，却不曾想碰上了孙承宗这个猛人，只带了一千亲卫一路打马狂奔，三天就冲到了山海卫驻地！
王之臣正组织一帮亲信掩盖罪证，制造假象呢，这行动刚刚开始就被孙承宗逮了个正着。于是，一个巨大的贪腐集团呈现在孙承宗的面前，饶是他见惯了大风大浪也被这帮人的贪婪给吓了一跳！
他们不但克扣粮饷还吃空额、以次充好、走私贩卖违禁物品等等等等，总之，凡是能捞钱的，他们都干，就是不好好整军备战！
这毕自肃就是因为太清廉了，所以被他们排挤在外，本来王之臣是不打算克扣宁远卫的粮饷的，因为宁远卫总共才不到五万人马，他报上去的却是十万，就算粮饷全给他们发了，还有一半的空饷进了他的腰包！奈何这次朝廷对阉党的清理来的太彻底，他这种依附阉党爬上来的官员也是清理对象，他不得不耗费钱财上下打点。
这钱财耗费的多了，他就开始心疼了，干脆一不做二不休，把饷银全扣下了，光发粮草，反正又没打仗，一天到晚闲着，能让你们吃饱已经不错了！
他想着反正上面有人兜着，应该不会出事，却没想到上面是兜住了，下面却没兜住，宁远卫竟然集体闹事了，毕自肃这货竟然自杀了！
王之臣本来就是那种善于阿谀奉承的人，他知道被孙承宗逮住了自己是躲不掉了，干脆老实交代，争取给个痛快，竹筒倒豆子，把他克扣粮饷、行贿受贿的事情全交待了。
这下他是痛快了，孙承宗却不痛快了，东林党的骨干竟然被这货腐蚀了将近一半！这要是捅出去，东林党岂不是臭名远扬！
孙承宗此刻面临着艰难的抉择，要么如实上报，那东林党的清誉就全毁了，要么隐瞒不报，那他个人的清誉就毁了，也许别人不会知道，但他自己心里清楚啊！