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十一月中旬，京城很突兀的下了一场大雨，整个紫禁城被洗的干干净净，没有留一丝尘埃。抓捕阉党的行动基本结束，整个朝堂上下也被清洗了一遍，大小官员残留下来不到四成。
阉党是清理完了，一个很严重的问题跟着就来了，京城各衙门都严重缺人，特别是六部，阉党几乎占据了绝大部分，除了孙承宗，其他五个尚书全是阉党。这一清理，别说国家机器的运转了，就连审讯阉党都凑不出人来！
朱慈炅赶紧招来孙承宗和朱由检商量官员提拔的问题。说是商量其实就是让孙承宗和朱由检提人选，他们认为没问题就行了。
朱慈炅没什么太多的要求，他唯一想要控制的部门就是工部，主要是为了方便以后建立军工体系。
这工部正好是个贼窝，工部尚书、右都御史吴淳夫是阉党的主犯，下面更是一大堆阉党成员，这次清洗，整个工部主要官吏差不多都被清洗掉了。毕懋康顺理成章的接任了工部尚书，王徵也顺势升任工部左侍郎，连宋应星这个举人出身的亲信都被破格提拔为正五品的工部营缮清吏司郎中，可以说整个工部从阉党直接变成了皇党。
其他的，基本就是孙承宗和朱由检说了算，首先确定的是内阁成员。
孙承宗是先皇钦定的太傅、中极殿大学士、兵部尚书兼内阁首辅这个自不必说了。
帝师徐光启也早已入阁了，礼部尚书顾秉谦正好又是阉党，被拖出去砍了，于是徐光启顺理成章的当上了礼部尚书，又进为建极殿大学士。
另两位内阁成员是韩旷和来道宗。
这韩旷可不得了，他是东林党元老中的元老，万历、泰昌、天启三朝阁老，天启四年更是进阶内阁首辅，后来因为和魏忠贤不和，愤然辞职退隐，这才躲过了阉党对东林党的清洗。这次受孙承宗所邀出山，主要是来钦定阉党逆案和整顿吏治的，进武英殿大学士任吏部尚书。
这来道宗来头也不小，他是万历三十二年进士，历任光禄大夫、少傅、太子太傅、户部尚书、礼部尚书，是明熹宗时的顾命大臣，也是内阁元老，只是后面不愿参与阉党和东林党的党争才告老还乡的，这次受邀出山进文渊阁大学士任户部尚书。
内阁成员就是这四人了，加上前面的工部尚书毕懋康，六部尚书已经确定五位了，最后一位是谁呢？
刑部尚书人选孙承宗推荐的是乔允升，这乔允升也是东林党的骨干，天启年间他就是刑部尚书，也是不愿参与党争而告老还乡的，这次只能说是官复原职。
六部尚书既定，接下来就是左右侍郎了，其他各部倒没什么好说的，朱慈炅压根就不怎么关心，唯独这兵部他关注了一下，为什么呢？
因为他还有个亲信孙元化在兵部任郎中啊，按理再进一步就是侍郎了，这进是进了一步，但不是左侍郎，而是右侍郎。左侍郎的人选孙承宗早就预定了，那就是原辽东巡抚袁崇焕。
孙承宗还是很看重袁崇焕的，不但封他为兵部左侍郎还给他加了个都察院右都御史衔，这个都察院右都御史可是正二品，也就是说他跟各部尚书是同级的。就这袁崇焕还是闹小脾气，不愿来上任，为什么呢？